fa بهینه سازی استخراج DNA ژنومی باکتریایی به روش سیلیکاژل Research (Original) <p><strong>سابقه و هدف:</strong>در عصر حاضر، آزمایشات مولکولی گسترش بسیاری پیدا نموده است. اولین گام<br> در موفقیت این آزمایشات استخراج صحیح اسید نوکلئیک می باشد. در این مطالعه، دستور کاری<br> برای استخراج DNA براساس سلیکا ارائه گردیده است. خالص سازی DNA براساس تکنولوژی غشاء<br> سیلیکاژل یک روش ساده و شامل سه مرحله اتصال، شستشو و بازیابی می باشد. اسیدهای نوکلئیک<br> برخلاف پلی ساکاریدها و پروتئی نها، در حضور نمک های کائوتروپیک ( Ciportoahc ) جذب سلیکا<br> می شوند و با شستشو حذف م یگردند. پس از مرحله شستشو، اسیدهای نوکلئیک خالص سازی<br> شده، ب هوسیله شستشو با بافر یا آب مقطر از سیلیکا جدا و بازیابی م یگردند؛ بنابراین هدف از این<br> مطالعه معرفی یک روش استخراج DNA با کیفیت بالا و ساده است.<br> <strong>مواد و روش ها:</strong> در این مطالعه 8 نمونه باکتری شامل 3 باکتری گرم مثبت و 5 باکتری گرم منفی<br> مورد بررسی قرار گرفت. استخراج DNA تمام نمونه ها براساس سلیکا محلول انجام گردید. مقدار<br> چگالی نوری( DO ) آ نها با استفاده دستگاه بایوفتومتر سنجیده شده و برای تعیین کیفیت هر نمونه<br> پس از استخراج، نمونه ها بر روی ژل آگارز برده شدند. جذب نوری در 280/260 mn به طور میانگین<br> 1/29 بوده و الکتروفورز از محصولات PCR بر روی ژل آگارز 5/ 1 درصد انجام گردید.<br> <strong>یافته ها:</strong> متوسط جذب DNA در 260/280 mn از DNA باکتری های گرم منفی و باکتری های<br> گرم مثبت استخراج شده از سلول های خونی، به ترتیب 1 و 25 / 1 بود. براساس نتایج به دست آمده<br> الکتروفورز ژل آگارز از محصولات PCR بهره وری بالایی داشت.<br> <strong>نتیجه گیری: </strong>نتایج مطالعه حاضر نشان داد که این روش کاری برای باکتری های گرم منفی در<br> مقایسه با باکتری های گرم مثبت بهره وری بیشتری دارد و روش ژل سیلیکا محلول یک روش<br> ساده، ارزان و با کیفیت مناسب می باشد. با این حال این روش معایبی دارد که با تغییر در روش<br> کار مانند: افزایش زمان، دفعات شستشو و تغییر در زمان اثردهی آنزی مها و ... می توان کیفیت آن<br> را افزایش داد.</p> <p><strong>Background & Objectives:</strong> Today, major progress has been made in molecular<br> experiments. The first step towards improving these experiments is the accurate<br> extraction of nucleic acid. In this study, a protocol for DNA extraction was proposed<br> in accordance with silica gel method. DNA purification, developed based on the<br> silica-gel-membrane technology, is a simple method, which involves three stages of<br> binding, rinsing, and recycling. Nucleic acids, unlike polysaccharides and proteins,<br> are absorbed by silica gel in the presence of chaotropic agents and are removed<br> through rinsing. Following the stage of rinsing, purified nucleic acids are extracted<br> from silica gel through rinsing with buffer or distilled water. Accordingly, the aim of<br> the present study was to introduce a simple, high-quality DNA extraction method.<br> <strong>Materials and Methods: </strong>In this study, eight bacterial samples, including three<br> Gram-positive and five Gram-negative bacteria, were evaluated. DNA extraction<br> of all specimens was performed, using dissolved silica gel. Optical density was<br> measured by a spectrophotometer. Moreover, the quality of the samples was<br> assessed through Agarose gel electrophoresis. The mean absorbance at 260/280 nm<br> was estimated at 1.92. Also, electrophoresis of PCR products was performed on<br> 1.5% Agarose gel.<br> <strong>Results:</strong> The mean DNA absorbance at 260/280 nm in Gram-negative and Grampositive<br> DNAs, extracted from whole blood cells, was 1 and 1.25, respectively.<br> Based on the findings, Agarose gel electrophoresis of PCR products was shown to<br> have good quality.<br> <strong>Conclusion:</strong> According to the results of the present study, the proposed method<br> showed higher efficacy for Gram-negative bacteria, compared to Gram-positive<br> bacteria. Overall, gel silica method is recognized as a simple, cost-effective, and<br> high-quality method. However, this method has several shortcomings, which can<br> be resolved through increasing the assay time, improving the rinsing frequency, and<br> altering the time of enzyme efficacy.</p> سلیکا ژل, استخراج DNA باکتریایی Bacterial DNA extraction, Silica gel 31 37 http://tbsrj.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3304-29&slc_lang=fa&sid=1 Samane Saeedi سمانه سعیدی 100319475328460027974 100319475328460027974 No MSc Student, Department of Biology, Islamic Azad University of Tonekabon Branch, Tonekabon, Iran دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه زیس تشناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، تنکابن، ایران Ali Nazemi علی ناظمی alinazemy@yahoo.com 100319475328460027975 100319475328460027975 Yes Department of Biology, Islamic Azad University, Tonekabon Branch, Tonekabon, Iran گروه زیس تشناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، تنکابن، ایران Mustafa Jafarpour مصطفی جعفرپور 100319475328460027976 100319475328460027976 No Assistant Professor, Department of Biology, Islamic Azad University of Tonekabon Branch, Tonekabon, Iran استادیار، گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تنکابن، تنکابن، ایران